口腔内的囊肿并不是一种疾病，而是一类疾病，不同类型的囊肿的病因也各不相同。下面简单叙述一下临床上常见的几种囊肿的原因。
1、根尖周囊肿，一般没有特别的感觉，自己也不会发现，往往是发现牙齿烂了或者牙龈长脓包，医生拍片检查后发现的。根尖周囊肿发生的原因往往是牙齿龋坏引起牙神经坏死，牙神经坏死后没有及时处理，炎症蔓延到根尖外面，引起牙槽骨的炎症，时间长了演变成了根尖周囊肿。
2、唇腺囊肿，也叫黏液囊肿，常常发生于下嘴唇，透亮的突起，没有明显疼痛。唇线囊肿发生的原因往往是唾液腺堵塞或者唇腺局部受到创伤。
3、舌下腺囊肿往往见于舌头底下，一般比较大，部分原因也是导管堵塞或者创伤，也可能是其他并未明确的原因。